В 1989 г. была зарегистрирована церковная община из 111 граждан, проживающих в поселке Варницы. Церкви были переданы приходские храмы Воскресения Словущего (1814) и святых Паисия и Уара (1893) близ Варницкого монастыря. Насельниками Троице-Сергиевой Лавры они были отремонтированы.
В 1992 году, когда праздновалось 600-летие преставления преподобного Сергия Радонежского, на месте разрушенного Троицкого собора была поставлена деревянная часовня, над древним св. колодцем устроена сень.
В 1995 году по указу Святейшего Патриарха Алексия II и по просьбе архиепископа Ярославского и Ростовского Михея Троице-Сергиевская Лавра взяла Варницкую обитель под свое покровительство. Начались восстановительные работы. Первым настоятелем монастыря был игумен Борис (Храмцов). При нем была сделана объездная дорога вокруг монастыря. Церкви была возвращена часть монастырских помещений.
В 1998 году Святейший Патриарх назначил на восстановление монастыря игумена Силуана (Глазкина).
В 2000 году начал возводиться новый Троицкий собор (по возможности сходный со снесенным).
В 2001 году отреставрировали Введенский храм, окончены работы по восстановлению ограды с надвратной церковью, служебных и жилых зданий.
К июлю 2003 года в обители были построены Троицкий собор с 4-ярусной колокольней, двухэтажное здание трапезной, три стены с башнями.
В 2002 году в Варницкой слободе начала работу православная гимназия имени Преподобного Сергия. В 2005 году в самом монастыре открыто отделение гимназии с пансионным проживанием для молодых людей, учеников X – XI классов. Эта гимназия-пансион получила широкую известность по все стране.
29 июля 2003 году состоялась закладка надвратного храма.
Фильм про восстановление Варницкого монастыря 2007 года:
С 20 января 2014 года исполняющим обязанности игумена назначен иеромонах Пимен (Артюхов).
В 2014 году Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл освятил собор преподобного Сергия Радонежского – главный храм обители.
19 июня 2016 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом настоятель монастыря иеромонах Пимен возведен в сан игумена.
16 марта 2023 года настоятелем монастыря назначен игумен Варнава (Федоров).
9 апреля 2023 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом настоятель монастыря в Храме Христа Спасителя возведен в сан архимандрита.
Сейчас обитель практически полностью восстановлена. В настоящее время она является крупным паломническим центром, собирающим со всей России желающих почтить память семьи одного из величайших русских святых.